在谈到阿赖耶识的时候，经常会说到另一个很关键的概念就是种子，我们知道阿赖耶识也被称为“种子识”或者“一切种子识”，而且说到阿赖耶识的意思是“藏识”，也是因为他含藏诸法种子，那么到底什么是种子呢？《成唯识论》中的定义是，“此中何法名为种子？谓本识中亲生自果功能差别。”就是说，我们凡夫认为存在的一切诸法和因果似乎是外在的客观的，但实际都是存在于心识之内的，那识内的诸法也要有因果变化啊，所谓的种子就是在识内承担因果变化的各种功能。
这里需要注意一个问题，就是种子和阿赖耶识的关系，有两种说法，一种说法呢是说，阿赖耶识本身就是一切种子的集合，二者是一种体用关系，非一非异；还有一种说法呢，是说种子是阿赖耶识的相分部分，当然了，说到相分的时候，就是后来出现的说法了。这里先简单的知道有这两种说法就是，先不展开细说。
如果将种子进行分类呢，可以分为名言种子和业种子，一般认为名言种子是生成一切诸法的，因为一切诸法都可以依托名言构建，而业种子则主要是思心所造作的诸业所熏的种子，其实业种子也可以归纳到名言种子里去，不过它是功能势用比较强的一部分。
种子还可以分为有漏种子和无漏种子，有漏种子就是生起人我和法我的诸多分别的种子，无漏种子则是能够引发趋向菩提的种子，这里还有一个注意的点，是说无漏种子非阿赖耶识所摄。
种子还可以分为本有种子和新熏种子，就是有的种子是本来就存着的，有的是后来熏成的，这个说法其实是在首先承认了时间的基础上说的，而时间本身也只是诸法里的一法而已，而且还是不相应行法。如果把时间给抽掉再思考这个问题呢？大家不妨琢磨琢磨。
关于种子的内容还有很多，比如种子六义，也是很重要的，在这里就先不详细展开论述了，以后学唯识其他的论典的时候，会学到的。
