佛教是一种实证经验为基础的思想信仰体系，它要求人们培养美德，开发真智，用自己的智慧抉择是非，认识对错，反对盲目迷信。佛曾对弟子们说：“众比丘，善知识，你们要像煅、切、磨、试黄金以鉴别其真假那样对我的教言进行鉴别，不能因尊重我而盲目信从。”
在全世界的宗教中，只有佛教的教言与经典是允许被教徒怀疑、讨论和追究的。佛教不认为怀疑是罪恶或愚蠢，反而认为怀疑是达到觉悟的途径，佛指出：“大疑大悟，小疑小悟，不疑不悟。”正说明了这种实事求是的精神。
并且“如来常说：汝等比丘知我说法如筏喻者，法尚应舍”（《金刚经》），这说明，佛法如渡河之筏，是方便，度脱开悟后就应抛弃。一切真正的佛法到了最后，像过了河的船，都要丢掉。古往今来在各种宗教中，敢于要弟子们把自己的教化理论最终舍弃的，佛教恐怕是空前绝后吧！
并且，真理和客观世界是客观存在的。比如沙子，如果佛说“金子”的话，沙子仍然是沙子。佛经上很多地方说，女性要成佛的时候，必须先要转男身，转大丈夫相，才能成佛。这是一种著相和重男轻女，男尊女卑，歧视女性的错误思想。但佛碰到河上女，碰到胜鬘夫人，她们都结过婚，而且生过孩子，却即身成佛。她们把佛当面说了一顿，佛说：“如是如是”（“就是这样，就是这样”），夫人说得对，不可著相，没有什么分别相，女性也可立地成佛，而不需要转男身。是的，修学佛法也是男女平等的，一切众生皆可成佛，何况是女性。在《无量寿经》中，法藏（阿弥陀佛）对佛发愿说：“我作佛时，国无妇女。若有女人，闻我名字，得清净信，发菩提心，厌患女身，愿生我国，命终即化男子，来我刹土。十方世界诸众生类，生我国者，皆于七宝莲池莲华中化生。若不尔者，不取正觉。”阿弥陀佛身旁的大势至菩萨和观世音菩萨，不就是在极乐世界（常）现女身吗？（当然，观世音菩萨原是男身，《华严经》中说：“勇猛丈夫观世音”。）并且，有一种说法认为：在极乐世界的凡圣同居土的众生，在男身大菩萨讲经时，听众现男童子身；而在女身大菩萨讲经时，听众现女童子身。他们仍有男、女身，只是已经没有性欲，没有男女性的区别。在小乘佛教思想中，仍有许多婆罗门旧文化的思想残余。如很可能是出于上座系化地部的“八敬法”和“女人有五障”，前面提到的佛陀出生时从摩耶夫人的“右肋生出”和成佛必须先转男身，以及净土世界无女性，罗汉、菩萨皆是男性等一系列男尊女卑的思想，这些都与提倡众生平等，视众如母的大乘佛教思想明显的不协调。需要强调的是，密法生自般若智慧，不执人我法相，视万物法性平等，无净垢和美丑的执着，没有男尊女卑的分别见和世俗文化造成的偏见，完全是一种通达无碍的境界。佛中有男佛女佛，菩萨有男女菩萨，明王有男女明王，有以男本尊法为主的父续部，也有以女本尊法为主的母续部，男性女性完全平等，男身可以成佛，女身也同样可以成佛，没有成佛必须是男身的说法。极乐世界等佛国也有男女身。这说明，佛陀也有一个不断修正、深化认识的过程，并不见得佛和佛经上说过的就都是真理，佛教和佛法也是不断发展和完善的。我们要做到“四依法”：“依法不依人”，“依义不依语”，“依智不依识”和“依了义不依不了义”。体会禅宗的“不立文字（不执著于文字、言语），教外别传（教理之外另外传的法门，即离语言文字的诸佛心印），以心传心（以心印心，传佛心印）”。
另外，也应以平常心去对待佛教的戒律，有些戒律是需要改变了的，有些戒律在特殊情况下可以开许，变通。如过午可食；可以用酒治病痛；喝奶养生救命；五辛之一的大蒜能杀菌消炎和健脑益智，可以防治心、脑血管疾病和流感等疾病，只是对眼睛有些不好，食用大蒜对身体是利大于弊的，大蒜是可以适量食用的，每天可以吃一瓣生蒜或两瓣熟蒜。
藏传佛教的“视上师如佛”，也并不是盲目迷信、偶像崇拜，而是因尊师而重法。如果有些师的言行不合教义法规，弟子应该像子女对待父母的错误那样，善言规劝改正制止。“对（上师）善法行，应随从奉行；对恶行为应当背弃”（《宝云经》）另外，上师虽然说得合理，但自己执行有困难，做不到时也就“讲明请宽恕”。这些都说明，对上师的服从并不是无条件的。
