都说因果报应，那怎么解释善人恶报、恶人善终之事？都说因果报应，那怎么解释善人恶报、恶人善终之事？
中国向来就有灵魂不死、祸福报应的思想，中国传统很难接受一切皆是虚无的观点，更难认同人本身没有灵魂，这是佛教本土化要适应的一点。
印度原来的婆罗门教也是承认一个创世的大梵和每个人都有的灵魂或轮回的主体。佛教虽然也接受了轮回报应思想，但它并不承认一个赏善罚恶的上帝或创世的大梵，也否认一个轮回的主体。
这就出现了两个难题，如果没有上帝那又是什么主导着报应呢，如果没有轮回主体，那又是什么承担着报应呢？
首先，主导报应的不是外在的神灵，而是人自身的业力，即“业报自招无代者”，一切行为皆为前面因之结果，是自作自受，有因必有果，有果必有因，因为业，果为报。
佛教特别强调因果业力之不可改变性，即“万法皆空唯因果不空”，但现实中的因果报应又好像并不是简单的对应，善恶祸福并非如影随形、报应不爽，甚至有善人恶报、恶人善终之事，比如颜回短寿、盗跖反而福寿等好像有违报应的事件。
于是慧远便引用了现报、生报、后报三世报应说来加以说明。即今生之福报在于前世，而今生之作为引起的报应也不见得一定会在今生完全实现，有一部分会“储蓄”到来生实现。
这就自然引出了下一个问题，贯穿于三世轮回的主体是什么？这里显然需要一个存在时间要远大于有生形体的载体，这就引入了慧远的形尽神不灭论。
慧远之形尽神不灭论与其法性论是相应的。他著《法性论》日：“至极以不变为性，得性以体极为宗。”此处提出的“至极无变”是大大不同于般若学所强调的诸法皆空、无物常住之思想倾向的，此处关注的乃是不生不灭、不在有无、不出有无、不寂不变、不空不有的佛教的最高境界——涅槃，是永恒的超越者。
慧远认为，此终极超越的法性是至极不变、独立自存的，此法性“无所从生，靡所不生；于诸所生，而无不生”。与此法性相应的是人的精神，人的精神亦如法性一样是永恒长存的，既是轮回主体，又是成佛的根据所在。
慧远借鉴《庄子·养生主》中的薪火之喻，对形神问题做了形象的说明，认为具体的木材固然可以燃烧殆尽，但火却可以不断传递下去，人的肉体在不断产生消失，但同一灵魂却可以在不同人世借用不同肉体代代相传轮回而不灭，无穷尽矣。
