本尊修念双轨法，即通过本尊的修法和光明，把自己和他人等一切有情众生身口意及善恶等一切，自然成为本尊的身口意及功德和弘业而获得加持，属于古象雄佛法雍仲本教的主要实践修法之一，亦是富有特色的修法之一。此修法分为三个步骤：基之三个秘密修法、道之加行天咒智慧三智修法、果之祈愿结果为三身佛的修法，以下逐一说明：（一）自身观为本尊身之瑜伽法：认为自己的身躯远离杀生、偷盗、邪淫等身的三种业障和罪过，及无遮体，自身与本尊身无二，具备良好的形象等的完美性，成为救度各类众生本尊的化身。然后念诵本尊心咒三遍。（二）自语观为本尊语之瑜伽法：认为自己的语言远离妄语、绮语、两舌、恶口等语的四种业障和罪过，自语与本尊语无二，自语等于本尊所说六十支梵音，故又以八万四千颂教诫，然后念诵本尊心咒三遍。（三）自心观为本尊意之瑜伽:自己的心远离贪心、嗔心、邪见心等三种意念的业障和罪过，自心与本尊心无二，获得本尊的六十智的本性，遍知诸法的现象，善恶等一切成为功德和弘业等如来我所想，然后念诵本尊心咒三遍。加行天咒智慧修法是西藏古老佛法雍仲本教密乘修法之一，也是比较殊胜的修法。此修法分为三段：（一）现象修为本尊：自己观想成本尊，自从本尊的身上射出光明，普照十方及三大世界的内在有情众生和外在无情自然界，消除一切众生的烦恼和业障，破戒的罪过；清洗外面世界的灰尘和不净的赃物，一切众生变为佛身，外面世界变为坛城及净土，没有留下任何不净之名，然后念诵本尊心咒三遍。（二）声音修为咒语：自己的语言观为本尊的言语，自从本尊的言语上射出无数的光，普照所谓的声音和言语之上，消除所有的声音和言语的业障和障碍，声音变为佛语，言语变为咒语，没有留下任何不清的名声，然后念诵百字明三遍。（三）记忆修为智慧：自心观为本尊的智慧，自从本尊的意及智慧射出无数光，普照十方众生的烦恼、记忆和意念，错乱的想法之上，把这一切的恶业、业障、罪过统统洗刷掉，变成了本尊的意和功德，没有留下任何错乱和杂念的称号，然后念诵百字明三遍。再次，把光明收回自己的身口意，愿利己利他之事圆满而归回法界性空之中平等，并再诵百字明三遍。内外本尊的身和坛城等一切从周围慢慢地融化为光。光又融化之后浸入自身，自身与光本尊变为无二，然后又融化之后浸入本尊的密咒种子字，之后自然放在无缘及空性之中而禅定，再次把外境的相、声音、记忆等观为本尊的身、心咒、原始本智的意识层次。然后入定禅修和坐起等更多的修法引用在佛道之上。如此修念双轨以来的诸善为一切众生得到三身佛陀或本尊的本性而回向和祈祷。 
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