烦恼和迷执就像巨大的笼子，把我们紧紧地关押在轮回牢笼中不能出去。世尊在佛经中告诉我们说：“智生惑染灭”。“智生惑染灭，”一句在字面上与藏文版有点不一样。藏文版是说：世尊在佛经中说，要安住在自我的境界当中。此处的“自我”，是指如来藏，也就是要安住于常、乐、我、净的如来藏法界光明当中。世尊在第三转法轮关于如来藏的经典当中宣讲道：智慧诞生。本来智慧是原有的东西，永远都跟我们在一起，不需要诞生或创造，只需要我们去发现而已。但从表面上看来，一个人从迷惑到开悟之间，仿佛就是从没有智慧变为有智慧，似乎有一个新的智慧诞生。汉文版没有说得很清楚，只是说，智慧产生以后，迷惑和污染就灭掉了，但这根本不是第三转法轮的特殊见解，在第二转法轮甚至第一转法轮当中都讲过了。“妄执勿相缠。”在那个时候，执著妄念都不能把我们束缚于轮回。“去来执最胜，”“最胜”是涅槃的异名。涅槃本来无来无去，但我们却会执著它有来有去、有生有灭、有近有远。“体空犹可思，”“体空”是诸法的本体空性、心的本性光明或胜义谛的本体空性。体空是不可思不可言的，但我们把它执著为可思的。“菩提非妄执，”“最胜”和“体空”都是指菩提，它没有任何来去、可思等妄执。“正证亦知非。”菩萨的证悟境界中，也不存在眼耳等六识的所见所知。从“世间并出世”开始，前四个偈子都在告诉我们，所谓的轮回与成佛，都是心创造的虚幻现象，实际上并不存在。
是六识或八识的综合体，凡是人的精神，都可以用心字来表述。如来藏是毁灭和诞生的基础，是轮回的源头和尽头。它永远都存在，不是心创造的，也不需要心去创造，心也创造不了如来藏。而心却是从如来藏当中产生的，这是大乘佛教公认的观点。但心怎么样创造轮回，外界的现象是真正的心，还是心的幻觉或产物的问题上，就有不同的观点了。因为有了不同的观点，所以形成了一切有部、经部、唯识、中观等宗派。鹅与乌龟可以把混合在一起的牛奶和水分离开来，只饮用其中的牛奶，而将水等杂质过滤掉。其中的牛奶，比喻光明清净的佛智。水与杂，比喻不清净的烦恼。“二障亦非杂”中的“非”，意即不接受。烦恼障和所知障二障本来是烦恼，是修行人会抛开的杂物，但除了二障里面的杂字所表达的东西以外，还存在着佛的智慧。我们要学会像鹅分离牛奶与水一样分离烦恼和光明，将光明的部分留下来，将烦恼放弃，不接受二障的杂物。二障的杂物是什么？除了二障以外还有什么杂物？除了杂物以外还有什么二障呢？从物质的本体来说，烦恼就是菩提，除了菩提以外没有烦恼，轮回就是涅槃，轮回就是佛的坛城，除了佛的坛城以外没有轮回。但在没有证悟，或者没有彻底证悟，修行还没有到位的时候，二障是烦恼，不是菩提，不是智慧。如果我们在这种情况下去接受烦恼，或者不放弃烦恼，结果就是堕恶趣，所以必须像《佛子行》里面所说的：“贪等烦恼初生时，铲除其是佛子行。”当烦恼刚刚冒出的时候，立即要去断除，要想一切办法对治烦恼。当内心状况越来越靠近物质的本性，也即佛性时，二障就是佛的智慧。二障可以接受，但二障的“杂”，也即“真实”的不清净烦恼，永远都不能去接受。
密宗认为，烦恼即智慧，有些人就会产生非常严重的误解——既然烦恼就是光明，那我们就不需要去断除烦恼，行为上的持戒、苦行等等也大可不必了。其实在密宗里面，也有不净观的修法。既然密宗都说一切都是佛的坛城，但实际上连小乘《俱舍论》中讲的不净观都在修，这是不是有点矛盾？并不矛盾。密宗的修法和行为，都非常讲究次第。对初学者来说，密宗上层的方法是不合适的，所以只有通过不净观来断除烦恼，但这不是它的最终观点。不要说密宗不认为物质都是不清净的，连小乘佛教也不这么认为。比如说，有一种不净观的修法，是首先观想自己额头上的眉间有一小块肉开始腐烂，当肉烂掉以后，便露出里面的白骨，白骨慢慢扩展，随后整个人都变成骨架，最后不仅是人，包括周边的所有东西都是骨头。当修行人很投入地观想一段时间以后，就能在打坐的时候真正看到满布白骨的景象。虽然修行人也知道房子不是骨头做的，但他知道这样对断除烦恼有帮助，既然连小乘行人都有这样的见解，密宗就更不用说了。小乘修行人在二障里面永远找不到不杂的清净光明，所以他根本不加考虑，就把整个二障全盘否定；大乘显宗的境界比小乘高了一筹，一方面会用不净观之类的修法来断除烦恼，另一方面也同意在有菩提心或证悟空性智慧的前提下，可以不断除烦恼而把烦恼转换为道用。在转为道用以后，烦恼实际上就不是烦恼了。所以，从小乘到密宗，没有一个宗派认为“真实”的烦恼可以接受。因此，凡是以密宗的名义，打着密宗的旗号，去接受这些“真实”的烦恼，然后因烦恼而导致一些不良后果的行为，密宗自己都称之为颠倒的密宗、邪密，不是正密是邪密。
从妄执的角度来说，自我不是没有，而是存在的，但了达以后就知道，我是不存在的，涅槃的本性是清净的，人我和法我都不成立。所以，我是否存在的关键，在于是否证悟。不证悟，我就存在，烦恼也存在，一切都存在；了达本性之后，烦恼、轮回，一切的一切就都不存在。前面用了大量的比喻与文字，来说明心的本性是光明，这两句是告诉我们：既然烦恼是光明，那烦恼到底需不需要断除，该怎么样取舍。
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