净土宗与现代自然科学的关系，体现在两个层面：一是净宗文化对现代科技的道德制衡;二是净宗文化对现代科技的认知启示。这两个层面的有效渗透，显示出净宗在科技时代的深远价值，兹分述如下。
近400年来，科学技术在人类活动的舞台上，日益扮演着重要角色，披上了高贵绚目的外衣，成了世人顶礼膜拜的对象。客观地看，科技的发展确实在许多方面改善了人类的生存环境，提升了生活质量。科技能解决人类困境的乐观主义在当代全球化的高科技浪潮中，有进一步强化之势。
科技在日新月异地改变人类生存状况的同时，其负面效应亦日渐彰显，人们在享受高科技便利与高物质消费的同时，亦在吞咽着与之伴生的苦果，诸如：环境污染、生态失衡、核战争的威胁、生物武器、精神家园的丧失等。解决人类生存的苦难，科技并不是最可靠的东西。有识之士痛苦地意识到这一点，且曾为此付出重大代价。对科技负面效应的指责，从来便与对科技的赞颂并存着，只是声音微弱不被人们注意(或潜意识排斥)罢了。1749年，法国思想家卢梭在《论科学与艺术》一书中，指责科学起源于罪恶，且总是给人类带来灾难。他认为科学的目的是虚幻的，效果是危险而有害的，它会使人损失时间、游手好闲、怠惰奢侈，从而引起风尚解体和趣味腐化，破坏德行。卢梭的这种观点，在科技高奏凯旋曲的近现代，被认为是不合时宜的奇谈怪论。
耐人寻味的是，在科技辉煌的今天，卢梭式的声音不绝余响。1978年7月，在印度波那举行的世界秩序标准规划第14次会议上，由美国世界秩序协会和发展中社会研究中心起草了一份有26名学者签名的报告，题目为《科学技术的堕落》。开篇云：这是一篇对科学技术成为不平等、剥削、压迫世界工具的控诉书。报告认为：现代社会不少思想、道德、伦理和文化上的混乱，与科技发展过快有关，应当适度限制科技发展以调整思想，使人类有足够的道德理性来正面使用科技，造福人类。
美国物理学家罗伯特S科恩教授认为：在政治领域中，科学技术所导致的精英人才统治论带来的危害，可能超过专门知识与专业工作作出的贡献;在社会方面，科学技术的革新不论成败，均对公认的文化生活与人类意识有破坏、瓦解、削弱作用。这种说法有点偏激，却也能获得某些资料的支持。比如，原子弹自始至终是由科学家下力气付诸实施的。1939年3月18日，约里奥居里在《自然》杂志发表铀核链式裂变反应的文章。1939年8月2日，爱因斯坦签署致罗斯福的信，揭开了原子时代的序幕。一位新闻记者对美国原子弹之父罗伯特奥本海默采访，奥氏坦率地承认：正是他们这些人在二战末期为美国轰炸广岛提供了技术资料，作为技术专家，他为这一行为感到严重的道义上的不安，并云：我们物理学家长期以来就生活在这种精神分裂中。在和平时期，又是科学家们促进研究毁灭性更大的氢弹。
射电天文学的先驱、诺贝尔物理奖得主马丁赖尔，在去世前给朋友的一封信中写道：第二次世界大战后，他想寻找一个远离军事应用的研究领域，最后选择了天文学。然而，在他晚年，他发现自己开辟的射电探测技术却为军事带来了最大的利益。他开始怀疑是否他在1946年当一个农民，或许会好些。马丁赖尔教授提出一个建议：在新的恐怖武器发明出来以前，现在停止基础科学研究可能为时还不晚。这是一位科学家临终前的反省，其言也善，其被接纳也难。
娑婆世间众生的挟裹佛性的聪明才智，能够推进科技的迅猛发展，然因内具贪嗔烦恼，致令道德理性严重滞后，高精尖的科技大多首先用于军事。随着科技发展，人类的心理多向物质功利倾斜，使物质的发展失去人心的控制力量，心被物所役，道德伦理、因果观念被认为迂腐、保守而被抛置一边，调控制衡人心的力量日渐软弱乃至消失。道德与科技的失衡直接威胁着人类的生存基础。所以重构道德理性乃是现代人类的当务之急。
净宗文化从深层次提供当代道德理性建构的基石──三世善恶因果律，从多方面赋予超时空的道德价值，诸如：心净则土净、和谐平等、慈悲忍让、生佛一体、自他不二等。如果净宗文化得以介入现实，或现代人谦恭地接纳净宗文化理念，那么，净宗文化一定能有效地为现代科技发展导航，使之彰显造福人类的正面功能，而最大限度地消解损害人类的负面效应，实现道德与科技的良性互动。
在一般人看来，宗教超越意向甚强的净宗文化，即便内具安顿(或解脱)心灵的价值，也至少有悖于现代科学精神。事实表明这种观点失之公允。本世纪50年代以来，西方社会掀起东方文化热，有西方人寻求心灵拯救的人文因素，更有西方科学家热衷在东方文化中寻找现代科技生长点的内在需要。许多研究高能物理学以及生命科学的前卫科学家，把佛教思想视为宝物，孜孜于佛教经典与现代科学的对比，从中获得了诸多卓有成效的发现。
日本科学家松下真一说：这实在很奇怪，正是现代物理学(元质点论)的真理，并用试验加以证明，这和古代的佛教思想的具体表现一样，不是令人惊叹吗？美国科学家奥本海默说：在原子物理学的发现所表现出来的关于人类认识的一般概念就其本质而言，并非我们根本不熟悉、前所未闻或者完全是新的。即使在我们自己的文化中，它们也有一定的历史，而在佛教和印度教的思想中更居有中心的地位。我们所要作的发现只是古代智慧的一个例证、一种促进和精细化。美国物理学家卡普拉亦云：古老的宗教典籍《华严经》与现代物理学的理论之间，有着惊人的相似性。而净宗第一经──《大乘无量寿经》具足华严十玄门，其理念和境界与《华严经》并无二致，故历来被称为中本《华严经》。故而，净宗经典与现代物理学的理论之间的相似性，亦毋容置疑;而净宗理念远远高出现代科技之上，亦是一明显的事实。
西方极乐世界种种依正庄严由阿弥陀佛妙明真心所流现，具有极高的审美法则，如：对称、透亮、多样化统一等，西方净土的超然美，有助于启迪科学真理的发现，因为科学的真与科学的美具有内在的同构。事实上，西方前卫科学家们在接触学习佛教典籍的过程中，已从结构美方面获得良多启迪。可以说，净宗文化对科学的认知启示如无尽藏，取之不尽，用之不竭，其受益多寡，端在虔敬与悟性。
净宗文化可以全方位地会通当代高科技各个领域，诸如：多维空间、大尺度的宇宙观、地外文明、微观亚原子世界、测不准定理、质能互变、时间隧道、生物全息律、分形数学、资讯网络、克隆生物技术等，西方极乐世界是一个超高科技的妙土，能为地球高科技的发展提供深刻的启示。
西方前卫科学家对佛教思想的认同与挖掘，表证人类思维纵深发展的趋向。净宗文化与当代科技的会通互动，提供孕育新的科技革命的契机。由此证之：净宗文化不仅不悖于现代自然科学，而且能给现代科技以启示与导向;净宗文化与现代科技的融汇，势将开辟人类知性的新纪元，深刻影响人类的思维方式与价值观念。
