桑耶寺被称为西藏佛寺之祖，它的建立，是外来的佛教战胜当地本教的标志。
本教是古代藏族人民崇信的一种名叫“本波”的原始宗教，起源于西藏高原古老的民间自然崇拜。本教认为宇宙分为天、地和地下三界。居于三界的神分别称为“赞”、“年”和“鲁”。此外，地下和地面还住着各种精灵和魔怪。人必须警奉这些神、怪，融就会招致灾祸。在佛教未传入或初传入藏族地区之前，本教是占统治地位的信仰。
公元７世纪初，地处雅鱼藏布江中游南部的悉补野部第三十三代首领松赞干布（公元？－６５０年）先后兼并了西藏地区诸部，统一了全境，建立起吐蕃王朝。他发现与带有原始平等制残余色彩的本教教义相比，佛教的经律教义和严密的组织，对于巩固新生的王室统治更为有利。于是，他毅然排除各种阻力，将佛教引入吐蕃。他派人从印度等地迎请僧人，命人翻译了《宝云经》等二十一部经卷。又先后同笃信佛教的尼泊尔墀尊公主和唐文成公主联姻。
佛教的传入遭到了本教势力的反对，他们利用一切机会掀起反佛风潮。这种本佛两教的斗争时起时伏，延续了数百年。
８世界中叶，印度密宗大师莲花生应藏王赤松德赞之请，来到西藏传播佛教。他巧妙地运用密宗的义理和法术降服了本教，并封本教所奉神祇为佛教护法神，将本教最基本的仪式——火祭接受下来，使之等同于佛教的烧施。这样就消除了藏地民众对佛教的陌生感，使佛教在西藏传播开来。桑耶寺正建于此时，与之同期建造的还有昌珠寺等。
公元８１５年，热巴坚（公元８１５－８３６年在位）继任藏王之位，他继续兴佛，重用僧侣。佛本两教的斗争又一次激化。崇本的贵族权臣将藏王身边信佛的大臣、王妃、王子，一一除掉，最后将热巴坚缢死，拥立其弟达玛（公元８３８－８４２年在位）为藏王。达玛即位后，大肆灭佛，命令各地毁寺焚经，强迫僧人还俗，于是传佛大师纷纷外逃，佛教势力一度趋向衰落。从松赞干布兴佛至达玛灭佛，约两个世纪，藏史学家称这段时期为西藏佛教发展史上的前弘期。
公元８４２年达玛被一名僧侣刺死，吐蕃奴隶制政权崩溃，奴隶和平民暴动遍及全境。自此西藏地区陷入了漫长的分裂局面，社会缓慢地向封建制度发展。直至公元９７８年以后，佛教才在一些新兴封建主的扶植下逐渐复兴，并形成了许多教派和教派支系。主要有宁玛派、噶当派、噶举派、萨迦派，以及影响最深远的格鲁派，另外还有几个小派。藏史学家把公元９７８年以后，佛教再度兴起，形成教派，称为佛教发展史上的后弘期。至此，一种具有西藏地区特色的佛教（亦称藏传佛教或喇嘛教）形成，本教再也无力与它抗争了。
格鲁派由藏族僧人宗喀巴（公元１３５７－１４１９年）创立。“格鲁”意为“善律”，该派寺院组织严密，主张僧从严寒戒律，学经遵循次第，因而名声渐播。又因这一教派的嘈嘛头戴黄色僧帽，所以也称为“黄帽派”或“黄教”。格鲁派禁止僧侣娶妻生子，宗教首领采取噶举派首创的“转世”办法承继，从而形成***和班禅两大转世体系。一世***喇嘛和一世班禅额尔德尼都是宗喀巴的弟子，延嗣至今***世系已传至第十四世，１９８９年逝世的班禅大师为第十世。
格鲁派的形成，标志着西藏佛教已发展到极盛时期。这时西藏出现了全民信教的局面，境内寺庙遍及大小村庄和牧场。据１７３７年统计，仅格鲁派寺庙就有３４７７座，僧侣３１６２３０人。在格鲁派众多的寺庙中，最著名的有甘丹寺（１４０９年建）、哲蚌寺（１４１６年建）、色拉寺（１４１８年建）和札什伦布寺，这便是西藏地区著名的格鲁派四大寺院。四大寺中，甘丹、哲蚌、色拉三寺皆建于拉萨市郊，唯札什伦布寺位于后藏日喀则市。
