谈到《六祖坛经》的思想源流，当然必须从禅的起源开始说起。
佛陀在灵山会上拈花示众，是时，众皆默然，唯迦叶尊者破颜微笑。佛陀曰：「吾有正法眼藏，涅槃妙心，实相无相，微妙法门，不立文字，教外别传，付嘱摩诃迦叶。」
佛陀至多子塔前，命摩诃迦叶分座令坐，以僧伽梨围之，遂告曰：「吾以正法眼藏密付于汝，汝当护持，传付将来。」
这是《五灯会元》裡载录的一则著名公案－－拈花微笑，说明禅宗衣钵传承，是根源自灵山会上佛陀传法给摩诃迦叶。之后历经各时代的传承，至二十八祖菩提达摩东来，播下禅的种子，为东土禅宗初祖。此后五传至弘忍，其下六祖惠能，南宗巍然卓立，波澜壮阔，大放异彩，开演为五家七宗，应验了达摩祖师「一花开五叶，结果自然成」的预言，也奠定了隋唐禅学的黄金时代。
从西天到东土，禅，虽然因为环境的变迁，地域的不同，语言文字的差异，产生了多种的风貌，或为菩提、或谓般若、或指禅那、或名三昧、或唤本来面目、或称第一义谛、或曰涅槃妙法、或说究竟常乐、或云圆满自在，名相百千，但本质一如。就像黄金，可以製成耳环、手镯、戒指、项鍊，形相诸用虽异，金体不变。
从西天二十八祖传至东土诸师，禅，有时质直如大地，生长万物；有时幽寂如谿壑，深静清凉；有时磅礡如江海，势力威猛；有时含纳如丛林，庇荫众生。而禅的传承，始终是本著佛陀「以心传心，不立文字，教外别传」的宗旨，延续著「正法眼藏」。
《坛经》的〈行由品〉说，惠能大师早年听客诵《金刚经》，当下有悟；后来五祖弘忍为他讲说《金刚经》，至「应无所住而生其心」，言下大悟「一切万法不离自性」，而说：「何其自性本自清淨！何其自性本不生灭！何期自性本自具足！何其自性本无动摇！何期自性能生万法！」〈般若品〉说：「凡夫即佛，烦恼即菩提。前念迷即凡夫，后念悟即佛。」又说：「本性自有般若之智。」「若识自心见性，皆成佛道。」这与佛陀当年于菩提树下，金刚座上，夜睹明星，豁然大悟，说：「奇哉！奇哉！大地众生皆有如来智慧德相，只因妄想执著，不能证得。」揭示「众生自性当中具足三宝的无量功德，人人皆有佛性，都有平等无差别的法性，都有喜好清淨和乐的心」，有异曲同工之妙。
〈机缘品〉说，六祖得法后，至曹溪弘化，无尽藏比丘尼问他既不识字，怎么能够理会《涅槃经》义，惠能大师自信地说：「诸佛妙理，非关文字。」惠能大师认为一切经书，大小二乘，十二部经，其目的是为了让迷人开悟，愚者心解。万法本在自心，应从自心中证悟真如本性。所以，语言文字只是方便开启法门的工具，可见六祖是彻底落实禅宗「以心传心，不立文字」的宗旨。
佛陀出生在人间，修行在人间，成道在人间，说法也不离人间，因此有关佛陀教化众生，六度四摄的思想，乃至人伦、世用的经典，比比皆是。例如，谈到孝道人伦，《杂阿含经》说：「供养于父母，及家之尊长，柔和恭逊辞，离粗言两舌，调伏悭吝心，常修真实语。」《五分律》载：「若人百年之中，右肩担父，左肩担母，于大小便利，极世珍奇，衣食供养，犹不能报须臾之恩。」《坛经。疑问品》教导在家居士修行则说：「心平何劳持戒，行直何用修禅，恩则孝养父母，义则上下相怜，让则尊卑和睦，忍则众恶无喧。」又〈般若品〉说：「佛法在世间，不离世间觉；离世觅菩提，恰如求兔角。」惠能大师这种「不离世间觉」的人间佛教思想，与中国禅宗初祖至五祖延续的潜形山谷，萧然静坐的宗风截然不同，他使禅宗进一步通俗化、社会化，充分阐扬了佛陀的人间佛教思想。
因此，追溯六祖惠能的《坛经》思想源流，可以说是直承自于佛陀的心法。
