《药师琉璃光如来本愿功德经》，收于《大正藏》第十四册。略称为《药师如来本愿功德经》、《药师本愿功德经》、《药师本愿经》、《药师经》。梵bhagava^nbhais!ajyaguru-vaid!u^ryaprabhasyapu^rvapran!i-dha^na-vis/es!a-vistara，藏bcom-ldanh!dassman-gyiblabai-d!u^ryah!ih!od-kyisn%on-gyismon-lam-gyikhyad-parrgyas-pa。又名《十二神将饶益有情结愿神咒》、《拔除一切业障》。
本经叙述药师佛于过去世修菩萨行时，为利导众生发了十二大愿。这十二大愿纯由大悲心所流露的利他大愿，所以称为微妙上愿，本经著重在对众生现世病苦灾厄的救济，福乐的获得，是解决现实人生问题的法宝。
「药师」，佛法中常称佛陀为无上医王或大药师，因佛能治疗一切众生的种种疾病。亦可为一切佛的通称，佛体察众生的种种病情，能施设运用种种法药。
「琉璃光」，是梵语薜琉璃的略译，是一种极希有的宝物。在此以琉璃宝的光辉、明净，而比喻佛德。
「如来」，是诸佛的通名，凡证获无上佛果的，皆可通称如来。
「本愿功德」，愿是愿欲，本愿即菩萨因地所发的弘愿。
「经」，梵语修多罗，本义为贯串摄持的线。
经题中有因、果，悲、智四个项次，「本愿功德」，约因地行愿说；「药师琉璃光如来」，约果德说；「药师」，喻佛的大慈悲；「琉璃光」显佛的大智慧。
本经传来中国，共有五次翻译。第一译，为东晋帛尸梨密多罗三藏所译，经名《佛说灌顶拔除过罪生死得度经》，并无单行本，係附于《佛说灌顶大神咒经》中属密部的经典。
第二译，是刘宋慧简法师所译，经名为《药师琉璃光经》，今已失传。据古人说，此译文义，并不十分圆满。
第三译，为隋炀帝时达磨笈多译，经名《佛说药师如来本愿经》，经本现存。
第四译，为唐朝玄奘三藏所译，《药师琉璃光如来本愿功德经》，本经本无神咒及八菩萨名；今之八菩萨名，乃后人依《佛说灌顶拔除过罪生死得度经》添入成现今流通的译本。
第五译，是唐武则天义净法师所译，经名《佛说药师琉璃光七佛如来本愿功德经》，内容较前四译为广。本经的前四译，大致相同，只有义净译稍异。前者只说药师净土，义净译则有七佛净土。
西藏译本有二种，一种相当于本经，另一译相当于义净译本。
本经之注疏有《药师经古迹》二卷（新罗．太贤撰）、《药师经灯燄》一卷（清．净挺著）、《药师经直解》一卷（清．灵耀撰）、《药师经讲记》（民国．太虚大师讲，竺摩记）、《药师经讲记》（民国．印顺导师讲，妙峰、常觉记）等。
本经一开始为曼殊室利的启请，佛在广严城乐音树下为大比丘、大菩萨、国王、大臣等，说明东方净琉璃世界药师如来的功德，并详述药师如来因地所发的十二大愿。
第一大愿（生佛平等愿）：愿我来世得阿耨多罗三藐三菩提时，自身光明炽然，照耀无量无数边世界。以三十二大丈夫相、八十随形，庄严其身。令一切有情，如我无异。
第二大愿（开晓事业愿）：愿我来世得菩提时，身如琉璃，内外明彻，净无瑕秽，光明广大，功德巍巍，身善安住，燄网庄严，过于日月；幽冥众生，悉蒙开晓，随意所趣，作诸事业。
第三大愿（无尽资生愿）：愿我来世得菩提时，以无量无边智慧方便，令诸有情，皆得无尽所受用物，莫令众生有所乏少。
第四大愿（安立大道愿）：愿我来世得菩提时，若诸有情行邪道者，悉令安住菩提道中。若行声闻独觉乘者，皆以大乘而安立之。
第五大愿（戒行清净愿）：愿我来世得菩提时，若有无量无边有情，于我法中修行梵行，一切皆令得不缺戒，具三聚戒。设有毁犯，闻我名已，还得清净，不堕恶趣。
第六大愿（诸根具足愿）：愿我来世得菩提时，若诸有情，其身下劣、诸根不具、丑陋顽愚、盲聋瘖哑、挛躄背偻、白癞癫狂，种种病苦；闻我名已，一切皆得端正黠慧，诸根完具，无诸疾苦。
第七大愿（身心康乐愿）：愿我来世得菩提时，若诸有情，众病逼切，无救无归，无医无药，无亲无家，贫穷多苦。我之名号，一经其耳，众病悉除，身心安乐，家属资具，悉皆丰足，乃至证得无上菩提。
第八大愿（转女成男愿）：愿我来世得菩提时，若有女人，为女百恶之所逼恼，极生厌离，愿捨女身。闻我名已，一切皆得转女成男，具丈夫相，乃至证得无上菩提。
第九大愿（回邪归正愿）：愿我来世得菩提时，令诸有情，出魔网，解一切外道缠缚；若堕种种恶见稠林，皆当引摄置于正见，渐令修习诸菩萨行，速证无上正等菩提。
第十大愿（从缚得脱愿）：愿我来世得菩提时，若诸有情，王法所录，绳缚鞭挞，繫闭牢狱，或当刑戮；及馀无量灾难陵辱，悲愁煎逼，身心受苦。若闻我名，以我福德威神力故，皆得解脱一切忧苦。
第十一大愿（得妙饮食愿）：愿我来世得菩提时，若诸有情，饥渴所恼，为求食故，造诸恶业。得闻我名，专念受持，我当先以上妙饮食，饱足其身；后以法味，毕竟安乐而建立之。
第十二大愿（得妙衣具愿）：愿我来世得菩提时，若诸有情，贫无衣服，蚊虻寒热，昼夜逼恼。若闻我名，专念受持，如其所好即得种种上妙衣服，亦得一切宝庄严具，华鬘涂香，鼓乐众伎，随心所翫，皆令满足。
此十二大愿是药师如来在因地修行的广大行愿，而其果德，也就是受报国土。而药师佛是以三种善巧方便度化众生。
一、闻名忆念：能破四恶得四益。四恶是：悭悋贪惜、毁犯见慢、嫉妒诽谤、斗讼咒诅恶；四益是：往生净土、上生天国、还生人间、转生丈夫。
二、持咒治病益：由愿观苦后入定持诵药师神咒，能治病灭苦而利益众生。
三、供养受持益：众生由称名、礼拜、供养药师佛，不只获得诸佛护念，亦获得曼殊室利及诸天的护持；由受持奉行药师法门，能够得到长寿、富饶、官位、男女等四种福报；也能免除恶梦恶相等百怪出现、水火刀毒等一切怖畏、内乱外患、毁犯堕落、女人生产等诸灾难。
佛陀与阿难的对答中，申明佛的功德并不是一般凡夫所能了解的，所以难信难解。接著由救脱菩萨明宏扬之法。
一、救病以延命：说明延寿法及皈依药师佛、受持戒、供养比丘僧、礼拜、读诵及燃灯、悬幡等延寿仪轨。
二、救国难以延命：以仪轨之法可免人众疾疫、他国侵逼、自界叛逆、星宿变怪、日月薄蚀、非时风雨；过时不雨之难。
三、救众难以延命：以仪轨之法可使后妃王子、文武百官，以及一切庶民众难解脱。
最后由阿难问名，广劝流通，大众奉行。
注：本文由香光尼众佛学院图书馆整理
小标题为编者重新另加
