藏传佛教首要有五大宗派，分别为宁玛派、噶当派、萨迦派、噶举派、格鲁派，简称藏传佛教五大宗派。宁玛派因为该派的和尚都戴赤色僧帽，所以也被称为红教。
公元11世纪，该派和尚运用印度佛教和西藏本乡宗教苯教的教义教规，翻开团体活动，形成了宁玛派，是藏传佛教中前史最悠长的宗派。宁玛派的特点是没有独立的寺院，也没有体系的教义和僧伽原则。
噶当派公元1042年，阿底峡尊者入藏，他对西藏原有的佛教进行了收拾，体系收拾了藏传佛教的教理和标准。
公元1056年，他的弟子仲敦巴在藏北树立了热振寺，是噶当派创派之始。因为阿底峡的传承，此派对藏传佛教其他宗派都有严重影响。噶当派共有教典、教授、教诫三个首要支派。
萨迦派公元1073年，西藏昆氏家族的昆贡却杰布在波布日山脚兴建了萨迦寺，向以昆氏家族为主的信徒传授以道果法为密法传承的新的教法体系，是萨迦派创派之始。
1260年，萨迦派五祖八思巴被元朝政府封爵为国师，自此以后，萨迦派的历代领袖，都受到元朝政府的封爵和扶持，在西藏初度确立了政教合一的本地政权。噶举派由玛尔巴译师创始，经米拉日巴瑜伽师的传承，直抵达波拉杰大师时，才正式树立并成为正式的宗派。噶举派的教法分为两大体系：分别为玛尔巴并经米拉日巴传承下来的达波噶举和由琼波南觉创始的香巴噶举。
其间达波噶举又发展为四大支、八小支等很多派系。在达波噶举很多支派中，噶玛噶举派是实力最强、影响最大的一支派系，也是藏传佛教中第一个选用活佛转世原则的宗派，在藏传佛教中占有极其重要的方位。
格鲁派因为该派和尚戴黄色僧帽，所以又称黄教。格鲁派创教人宗喀巴，原为噶当派和尚，所以该派又被称为新噶当派。公元15世纪，格鲁派兴起，是藏传佛教各大教派中最晚兴起的一派。到了清代，该派的达赖与班禅两大转世体系都由清朝政府正式供认。格鲁派一举成为了西藏本地政权的执政宗派，也是藏传佛教后期最有影响力的宗派。
