祖师禅与如来禅相对称。祖师禅又作南宗禅，特指禅宗初祖菩提达摩传来，而至六祖慧能以下五家七宗之禅。在具体意义上，如来禅是指经教里的禅法，因为它是如来解说的，后人所以叫它如来禅。
《楞伽经》卷二云：云何如来禅?渭人如来地，得自觉圣智相三种乐住，成办众生不思议事，是名如来禅。从达摩大师一直到五祖都是宗门禅，但是一般禅师都称为如来清净禅。如来清净禅便是把你心的情况恢复到其正本，也只要把心恢复到如其正本才是真实的佛。祖师禅是指不立文字本传的禅，差异于《楞伽经》所说的如来禅。即把如来禅定为教内未了之禅，把祖师禅定为教外别传至极之禅。
《传灯录十一仰山章》日：师问香严：师弟近期见处怎样?严日：某甲卒说不得，乃有偈日：上一年贫未是贫，本年贫始是贫；上一年贫无卓锥之地，本年贫锥也无。师日：汝只得如来禅。未得祖师禅。但是祖师禅也是如来所传，并非祖师所发明。释尊在灵山会上，把正高眼藏，涅槃妙心，咐嘱摩诃迦叶，正本便是祖师禅的来历。
