依止上师后就要开始修持上师瑜伽。
具体的修持可分三个阶段：
观想、七支供、祈祷。
观想
观想的方法有两种：一是观想自己根本上师的相貌。譬如：如果法王如意宝是自己的根本上师，就以法王的相片为准来观想法王的相貌，而无须观想莲花生大士等任何本尊。二是将上师观想为莲花生大士。外貌观想为莲师，但实际本体是自己的根本上师法王如意宝。
我们应该如何选择适合自己的观想方式呢？有些人对上师具有特别强烈的信心，一看到上师的相貌就生起无与伦比的欢喜心，与看到一般佛像的反应是有所不同的，这样的人就直接观想上师的相貌，而无须观想其他本尊。如果对上师虽然有信心但不是那么强烈，观想时也只能视上师为普通凡夫，信心难以增长，如此则应观想佛像。一位真正具格的上师，在本体上就是佛的化身，也就是佛。观想时外表要对照经书中佛像的描述，而本体则是自己的根本上师。修五加行时，是统一观想莲花生大士，有极个别的人可以观想上师，但按经书中的要求是观想莲师。
为什么观想的表面是莲师，而本体是自己的根本上师呢？这就与缘起有关了。从前，当谛诺巴尊者在给玛尔巴大师（米拉日巴的上师）灌顶时，头上现出了本尊的坛城，谛诺巴尊者问玛尔巴：“你是从本尊座前接受灌顶，还是从上师我的座前受灌顶呢？”玛尔巴想，从上师座前接受灌顶比较容易，而在本尊面前接受灌顶则非常难得，所以他回答道：“我还是从本尊座前接受灌顶吧！”话音刚落，所有本尊都倏然消失而融入上师，当时谛诺巴上师就说这个缘起不好。因此，后来虽然玛尔巴的法脉很长，自己也得到很大的成就，但其后裔却因此缘而如彩虹般地消失了。
因此，密宗特别强调对金刚上师的信心。由于金刚上师在这一世给我们传法灌顶，与我们有极深的法缘，所以观想莲师的本体为金刚上师可以比较快速地成就。其他的佛菩萨也时时刻刻在度化众生、加持我们，但金刚上师与我们更亲近一些。因而，如此观想上师能加速成就。
观想前，首先应该请一幅标准的莲师单身像唐卡，因为书中的图片通常都太小，不适合用来观想，观想的方法就比照金刚萨埵的观想一样。
书中对莲师的服饰以及它们所代表的意义都有详尽的描述，在此不再多作讲解，如是观想即可。莲师周围要观想其他的佛菩萨及护法神。当我们在修皈依或金刚萨埵的前半部分时，自己仍是自己，维持不变。可是修上师瑜伽时，要将自己的相貌观想为金刚瑜伽母，而本体则是胜海空行母，就是莲师的空行母。为何要如此观想呢？修上师瑜伽时，如果自己仍为普通人，就会带有普通人的邪见，例如对上师有不好的看法等，从而对修法造成障碍。如果将自己观想为金刚瑜伽母，由于缘起的关系，则可断除这些障碍，因此要这样观想。
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