药师咒也称药师灌顶真言，此真言是《早晚课诵集》中十小咒之一，出自《药师琉璃光如来本愿功德经》。常常念诵此咒，可以健康长寿，临终时可以往生净土琉璃世界，或者由八大菩萨护送到西方极乐世界。
南谟薄伽伐帝。鞞杀社。窭噜薛琉璃。
钵喇婆。喝啰阇也。怛他揭多也。
阿啰喝帝。三藐三勃陀耶。怛侄他。
唵。鞞杀逝。鞞杀逝。鞞杀社。三没揭帝莎诃。
nā m b qi f d。p shā sh。j lǔ b li l。
南谟薄伽伐帝。鞞杀社。窭噜薛琉璃
bō l p。h l sh yě。d tuō jiē duō yě。
钵喇婆。喝啰阇也。怛他揭多也
ā l hē d。sān miǎo sān b tu yě。d zh tuō。
阿啰喝帝。三藐三勃陀耶。怛侄他
ōng。p shā sh。p shā sh。p shā sh。sān m jiē d suō hē。
唵。鞞杀逝。鞞杀逝。鞞杀社。三没揭帝莎诃
南谟：读作（nā那 m摩），或读（n拿 m摩）（今人读此音居多），是南无的不同音译词。
薄：读音为（b伯）。
鞞：有三种读法：（p皮）、（bǐ比）、（bǐng丙）。这里念（p皮）比较合适。因鞞通毗，鞞杀社，也译成毗煞社；阿鞞跋致，也译成阿毗跋致；鞞嚧社那，也译成毗卢舍那。（见《佛学大辞典》。）
窭：读作（j巨）。
薛：读（b毕）。
喇：古读（l辣），见《康熙字典》、《中华大字典》：音辣。今读（lǎ）（lā）（l）。
喝啰阇也：此句中的喝，应读成（h合），古音合。
阿啰喝帝：此句中的喝，通诃，所以应该读作（hē诃）。
啰：各地多读成（l辣），此字与喇通假。
阇：读作（sh蛇）。
怛（d答）他（tuō拖）揭多也。
怛（d答）侄（zh直）他（tuō拖）。
唵：读（ōng嗡）或读（ǎn俺）。藏语系佛教读（ōng嗡）音，汉语系佛教多读（ǎn俺）音。
三没（m古音模）揭帝莎（suō通娑）诃。
此咒有大威德，若能念诵药师真言，即可消除病苦，延年益寿。如言：曼殊师利！若见男子女人有病苦者，应当一心，为彼病人，常清净澡漱，或食，或药，或无虫水。咒一百遍，与彼服食，所有病苦悉皆消灭。若有所求，志心念诵，皆得如是，无病延年。命终之后，生彼世界，得不退转，乃至菩提。此言于此真言若自诵，若教人诵，皆得消灾获福者也。
药师灌顶真言治理众生，使得消灾免难、去病却苦。修持读颂能拔一切业障、护持身心安康、得无量福慧。
由于药师如来的弘深誓愿，无尽功德，一方面促使众生早成佛道，另一方面也能满足众生现世的安乐和福报。清朝的玉琳国师一读《药师经》，便额手失声，愿人人入如来的愿海。国师的《药师经》题语说：予见世人顺境沦溺者不一，富贵可畏甚于贫贱。今此如来，使人所求如愿，遂从此永不退道，直至菩提。则欲于王臣长者，一切人中，作同事摄，不乘如来愿航，何从济乎？
又说：若于现前富贵功名，未能志清，男女饮食之欲，未知深厌，则于往生法门，未易生信。即信矣，身修净土，而心恋娑婆，果何益乎？则求其不离欲钩，而成佛智，处于顺境，不致沦胥者，固无如修持药师愿海者之殊胜难思也。若能信行，久久不懈，知不独富贵功名，转女成男，难危迪吉，如如意珠，随愿成就。即得于一切成就处，直至菩提，永不退转，何幸如之！人间亦有扬州鹤，但泛如来功德船。
