《药师经》云
「时彼世尊，入三摩地，名曰除灭一切众生苦恼。既入定已，于肉髻中出大光明，光中演说，大陀罗尼曰：“那摩薄伽伐帝，鞞杀社窭噜，薜琉璃钵喇婆喝啰阇也，怛他揭多耶，阿啰诃谛，三藐三勃陀耶。怛姪他：唵，鞞杀逝，鞞杀逝，鞞杀社，三没揭谛，娑诃。”尔时，光中说此咒已，大地震动，放大光明，一切众生，病苦皆除，受安隐乐。」
此处所说「咒」即为药师咒，又称药师灌顶真言、除灭一切众生苦恼陀罗尼。
药师佛为解大众之苦而演说药师咒
为了消除众生的一切疾病苦难，满足众生的愿求，彼东方净土世尊药师佛，入三摩地（三摩地，又称三昧，即定），即于肉髻中放出智慧的大光明，然后在此智慧的大光明中演说大陀罗尼（陀罗尼，即总持）咒。
肉髻，是佛的三十二相之一，即无见顶相。从佛的无见顶上放大光明，表示从最高定发究竟慧。慧发于定，咒则是从慧中流出的善巧方便。所以，此咒是从佛的最高智慧中流出，深妙不可思议。
药师佛在得证菩提的时候，由于其本愿力，慧眼观察到众生无边病苦，太痛苦了，他就发起大慈悲心，要让众生一切病痛苦难都消除，让众生都能够所求愿满，于是他在“除灭一切众生苦恼”正定中，放智慧大光明，在光中宣说此咒。在佛光普照，咒力加持下，使得祥瑞普现、大地震动，所有众生都身体无病无苦，康健自在，心也很安宁，很喜乐，因此东方净土也就“无苦音声”。
药师咒略解
那摩薄伽伐帝，
nā mó bó qié fá dì
鞞杀社，窭噜薛琉璃，
pí shā shè，jù lǔ bì liú lí
钵喇婆，喝啰阇也，
bō lá pó，hé là shé yě
怛他揭多耶， 阿啰诃谛，
dá tā jiē duō yě，ē là hē dì
三藐三勃陀耶， 怛姪他，
sān miǎo sān bó tuó yě，dá zhí tā
唵，鞞杀逝，鞞杀逝，
ōng，pí shā shì，pí shā shì
鞞杀社，
pí shā shè
三没揭谛，娑诃。
sān mò jiē dì，suō hē
咒语本不翻译，即四不翻中之秘密不翻。陀罗尼为总持的意思，即总一切法，持无量义，就是总摄一切善法，其义理是无量无边，不可说、不可说的。此处只是略作解释。
“那摩”，皈依，皈命；“薄伽伐帝”，世尊的意思；“鞞杀社窭噜”，即药师；“薜琉璃钵喇婆喝啰阇也”，琉璃光王；“怛他揭多耶”，如来；“阿啰诃谛”，应供；“三藐三勃陀耶”，正等觉。“怛姪他”，即说咒曰；“唵”，是总持中之总持；“鞞杀逝，鞞杀逝”，药，以药医治；“鞞杀社”，以药医治，使其康复；“三没揭谛”，普度一切；“娑诃”，迅速成就。
此咒上半部分是皈依药师如来，下半部分是以药治疗一切众生病苦，迅速成就。简略说就是“皈依世尊药师琉璃光王如来、应正等觉，即说咒曰：唵，药之，药之，药之而痊愈，普度一切众生，速得成就！”
念诵药师咒功德利益
「曼殊室利！若见男子、女人有病苦者，应当一心，为彼病人，常清净澡漱，或食、或药、或无虫水，咒一百八遍，与彼服食，所有病苦，悉皆消灭。若有所求，至心念诵，皆得如是，无病延年；命终之后，生彼世界，得不退转，乃至菩提。」
由经文中可知，念诵药师咒之功德利益。念诵药师咒不但现生消灾除病，延年益寿，而且，临命终时，还能往生东方净琉璃世界。“得不退转”，并且永远都不会退转了，乃至证得无上菩提。同时，若有其它愿求，至心念诵药师咒，都能够所求如愿。
释迦佛劝导大众要恭敬受持药师咒
「是故，曼殊室利！若有男子、女人，于彼药师琉璃光如来，至心殷重，恭敬供养者，常持此咒，勿令废忘。」
持诵药师咒有如此大的功德利益，因此，释迦佛很郑重地劝导大众要恭敬受持。
释迦佛说，曼殊室利，若有男子、女人，应对药师佛至心殷重，恭敬供养，要经常持诵此咒，千万不要懈怠而荒废忘失了。
如此以至诚之心，殷切尊重，恭恭敬敬地供养药师佛，又能够恒常地持诵此药师咒，为己或为人，利人利己，那么，自然能够病苦消除，无病也延年，命终之后，往生东方净土，得不退转，乃至圆满成就无上菩提。
大众如何修持药师咒
持108遍药师咒
「彼药师琉璃光如来得菩提时，由本愿力，观诸有情，遇众病苦，瘦挛干消、黄热等病；或被魇魅、蛊毒所中；或复短命，或时横死；欲令是等病苦消除，所求愿满。」
瘦挛干消就相当于现在的糖尿病；黄热等病：黄疸、肝炎、肝病、甲肝、乙肝，热是发热、感冒等。
大家如果感冒了，赶紧自己持药师咒108遍，赶紧喝，不是一次就好，至少早上、中午、晚上三次，每次跪在药师佛面前，念108遍药师咒，念诵3日，要很虔诚。
“或被厌魅、蛊毒所中”，这个我们经常碰到很多，去检查查不出来，但是头痛、脚痛、肝痛、眼痛，或者他自己感觉很难受，去医院检查又正常，说他脑子有问题，脑子也是正常的。这样，实际就是“被厌魅、蛊毒所中”，就是鬼道众生，这时大家也要赶紧持药师咒。
还有横死，现在最大的横死是什么？车祸。我们在车上放药师佛号，或者药师咒，可以免于横死、免于车祸。我们要把这个宣传给我们的亲朋好友，我们车上挂药师佛像、身上带药师佛卡、车上放药师佛号、药师咒，祈愿平安！
2.修药师禅定
药师禅法虽然包含了如来禅、祖师禅、秘密禅（持咒与诸佛菩萨相应的禅法就是秘密禅），但修持很方便，随便在哪里，包括在我们办公室里也行，能盘腿就盘腿坐一下。有些老人家腿盘不起来，那也没关系，你就端正坐好也可以。全身心放松，坐不了一小时，半小时也可以。最好把手机关机，避免被干扰。
真正修药师禅定，第一要没有人干扰的环境；第二要会观想药师佛与琉璃光，不会观想就多看药师佛像，把药师佛像记在脑海里；第三要会背诵药师咒；第四要对自己身上气脉即中脉前身任脉（前身从百会穴到会阴穴），与后身督脉（后身从百会穴到会阴穴）的大概走向要清楚，即上半身小周天转圈所走的气脉通道（这里讲的任督二脉与丹田穴位为了方便修法记住，与日常医书讲法不同，如上丹田印堂穴中医上讲属督脉，下丹田属关元穴，但为方便修法，这里任脉指前面气脉，包括印堂穴、下丹田指神阙穴）；第五要记住上丹田顶轮百会穴与下面海底轮会阴穴，即前面中气脉任脉上丹田印堂穴（即两眉中间）、中丹田膻中穴（两乳沟中间）、下丹田神阙穴（在肚脐中心），后面中气脉督脉上丹田脑户穴（头枕骨位置），中丹田神道穴（背部正中间），下丹田命门穴（后腰正中间）。前任脉上中下丹田穴位与后督脉上中下丹田穴位差不多刚好相对应的。
这样药师禅定三要素：明点（即穴位）、脉（即任督二中脉）、气（即琉璃光与呼吸药师咒）知道后就可以开始修药师禅定。
身密准备：
在没有干扰的环境中，先坐好，这时最好以两脚结跏趺坐或双腿盘坐都可以，坐时你往前面弯下去一下，你在打坐的时候，这个脊椎就形成S型，屁股就往后面推过去了，人体自然地呈S型曲线的时候，就容易坐的安稳，这叫推开尾闾，让最底下海底轮会阴穴与最上顶轮百会穴贯通，没有传药师深层修法与传药师法手印的最好不要结药师佛根本手印（用印），但可以结药师佛法界定印（体印），以左膝托左手，掌心向上，右手同左手一般，重叠与左手之上，两大拇指相顶。这样身密已经准备好了。
口密准备：
口密即默念药师咒，刚开始没有经验就用嘴出声念，习惯后就用舌头念，那便不出声，一点声音都没有，念到后来用金刚念法念药师咒，什么是金刚念诵，金刚念诵有两个要点，一是一口气一口气念，二是唇齿不动。这个金刚诵念药师咒也是药师禅定的重要一环节，
意密准备：
意密，即观想药师琉璃光如来放琉璃青蓝光从我们顶轮百会穴灌顶而入，观想时千万别忘了要金刚诵持药师灌顶真言（药师咒），同时配合呼吸，呼吐气时，琉璃光从上丹田至膻中穴，往下再到下丹田神阙穴，琉璃光再沿着任脉往海底轮会阴穴走，在琉璃光走到海底轮会阴穴时，呼吸吐气要改吸气了，当吸气时，琉璃光开始向上沿后中气脉督脉走了，这时如果经常不动的或者经常开车、坐办公室的人，最好肛门提一下，提肛可以治疗痔肛或痔疮，在吸气时琉璃光沿着督脉走到后下丹田命门穴，再到后中丹田神道穴（即胸口对应后面穴位），琉璃光与吸气融合沿着中气脉督脉再往上走到后脑勺的后上丹田脑户穴，再会合到顶轮百会穴，这样琉璃光与呼吸气绕前后中气脉一圈为小周天，因为人与大自然宇宙是贯通的，人体也是一个小宇宙！
宇宙都是随时随地在运转，月亮绕着地球转，地球绕着太阳转，太阳绕着银河系转。人体也一样，修药师禅定时，“心法意密”药师琉璃光跟着“息法口密”药师咒与呼吸转，“息法口密”药师咒语呼吸绕着“色法身密”中气脉八大穴位转，这样身口意三密相应于融合修持，禅修者与药师佛互相感应，得药师佛加持。
这样禅修最简单利益是身心得药师佛加持后健康喜悦，大的利益是能得生起次第与圆满次第。
在修药师禅中，得药师佛加持，引发意识潜能而达到超然物外的境界，起初由意识的一念专心而作的持咒观想开始，再渐渐地转变成固有定力，构成自我超越现实而进入药师佛愿海世界，这就是生起次第，也被称为观想次第。
在这观想次第中，经常修习药师禅定，再结合白天、睡中与梦中三个时刻随时随地与药师佛相印，达到清除世俗烦恼增长智慧目的，这样开发定通后，就会产生类似各种神通功能，最简单的神通是你能给别人治病，包括你念药师咒水治病特别灵验，也能在定中观察到将来要发生的如是遇缘结果的事，药师禅定观想次第再修下去就得圆满次第了，圆满次第成就即是解脱生死轮回，也是药师佛第一大愿上讲“如我无异”——即与药师佛相印无差别，众生与药师佛相融一体。
修习药师禅定不能三天捕鱼两天晒网，可以每天修习，但不必固定多少时间来禅修，修持次数当然越多越好！药师禅定刚开始比较困难，又要持诵药师灌顶真言，又要观想药师如来琉璃光，还得照顾呼吸气脉，而且是要金刚念诵，但当你熟练修习药师禅定时，你就开始境随心欲了，一般凡夫是心随转境，但若药师法门与药师禅定修好，你身心所发出正能量能把你过去世所造负能量消融化解掉，那药师法门修习者就能随心所欲。
药师禅定还有几种简单姿势，我常用的方法是把手放在膝盖上。因为打坐时我们的膝盖容易受寒气侵入。如果经常跪拜的人就没事，因为经常去锻炼它，膝盖经脉通顺，皮也厚了，否则这个部位非常容易受寒，因为没有肌肉，不像我们臀部不会受寒，因为那里脂肪丰富。我们打坐时手掌的热气可以保护膝盖，以免受寒。
还有一种方式，我们将手掌朝上放，接受药师佛的能量、磁场感应；另一种，就像平常打坐结药师佛法界定印，这个比较简单。
然后就一直默念，刚开始没经验就用嘴出声念，习惯了就用舌头念，那就不会出声，一点声音都没有，念到后来就不用念了，因为其实我们全身都在念了，不是说观想在喉咙或哪里念，而是念到无念而念。
念诵药师咒治病的时候最好是全身心放松，能盘腿最好，因为我们盘腿容易聚气，气不会散。躺着念也可以，但是躺着气容易散掉，范围太大，坐着小一点，还是盘腿最好。
修药师禅定最好持八关斋戒。药师禅定可以为我们治病，但是我们要一直用功，因为我们的磁场和药师佛感应时，就不容易得病，还能健身，冤亲债主想捣乱一下也无从下手。
