莲花生大士于释迦牟尼佛入涅槃后八年，阿弥陀佛放光射入古印度邬金国达那郭啸湖中，一朵莲花中化生的，现八岁童子相。莲师是阿弥陀佛、观音菩萨和释迦牟尼佛的身口意三密之应化身，为利益末法时期之众生而受生于人间。莲师的出世，释迦牟尼佛早有授记。在古印度德切泽巴佛塔，他从文殊友、龙树、吽噶日阿、布玛莫扎、扎巴哈德、达那桑智达、绒布咕嘿雅和寂藏的八大持明八部坛城的灌顶和窍诀。
从佛密处得到了《秘密藏续》，从文殊友得到大圆满特别是宁提法门传承。在楚举嚓尸林，他又遇西日桑哈随学了窍诀部密续和《空行宁提》共25年，证得了无死金刚身和大迁转虹身。公元八世纪，应藏王赤松德赞迎请入藏弘法，建立桑耶寺。他还教导藏族弟子学习译经，从印度迎请布玛莫扎（无垢友）等大德入藏，将重要显密经论译成藏文，创建显密经院及密宗道场，发展在家、出家两种僧团制，奠定了西藏佛教的基础。
因此，莲花生大士被认为是藏传佛教的始祖，是宁玛派（红教，意思是「老派」）创教祖师。莲师在印度和尼泊尔等地传法利生，历九百余年，智悲双运，威德普闻，沐莲师法雨证道者无数。莲师住藏55年半，其中48年是藏王赤松德赞住世(21～69岁)，国中政教如日中天，康藏佛教至今不衰，为世崇仰。
864年（木猴年），在藏王穆赤赞布面前，腾空而去前往化身刹土桑东巴瑞（铜色吉祥山）罗刹国度众。并在众前曰：我无来去，惟信我者，即现前而为说法，每月初十，我自来探视诸弟子。因此后世弟子每月藏历十号聚集，修上师相应法及会供。莲师预知藏王后代欲毁佛法，并且末法众生德薄障重，为免金刚乘教法破灭衰退，或为世智参杂走样，并为保留加持力，利乐后代有情，故将经续、仪轨等教法埋藏在山间岩中及弟子心中。其成就大弟子众为利有情，发愿转世为取藏者弘此教法。在一千多年前，伟大的莲师就曾预言：当铁鸟升空铁马走路的时候，金刚密法的光芒将传遍世界。
